Die Abrechnung erfolgt in Anlehnung an das Gebührenverzeichnis für Heilpraktiker. 

Die privaten Krankenversicherungen übernehmen in der Regel die Kosten für eine Heilpraktikerbehandlung. Es werden jedoch nicht in jedem Fall alle Kosten übernommen, weshalb evtl. vor einer Behandlung Rücksprache mit dem Versicherer gehalten werden sollte.

Beamte sind hinsichtlich der Behandlungskosten beihilfeberechtigt, jedoch gilt auch hier, dass nicht immer alle Kosten getragen werden, so dass eine konkrete Nachfrage ratsam ist.

Die gesetzl. Krankenkassen übernehmen die Behandlungskosten so gut wie nie. Einige Versicherungsunternehmen bieten Zusatzversicherungen für alternative Heilmethoden an. Für gesetzlich krankenversicherte Patienten besteht grundsätzlich die Möglichkeit, die Kosten einer Behandlung beim Heilpraktiker als außergewöhnliche Belastung im Rahmen der Steuererklärung geltend zu machen.